Program Keahlian di SMK Negei 2 Batu terdiri dari 3 program keahlian yaitu:
- Agribisnis Pengolahan Hasil Pertanian (APHP) atau sering disebut dengan Jurusan Agroindustri
- Agribisnis Tanaman Pangan dan Hortikultura (ATPH) atau sering disebut dengan Jurusan Agroteknologi
- Agribisnis Lansekap dan Pertamanan
- Kimia Analisis (Program 4 Tahun)
- Analisis Pengujian Laboratorium (APL)